杭州市余杭区第三人民医院始建于1951年，地处实证中华五千年文明的良渚文化遗址核心区，是阿里巴巴总部所在地杭州市余杭区一家二级甲等综合性医院，承担着余杭区西北部5个镇街的医疗急救、预防保健、公共卫生、健康教育等职能。2014年，医院由西湖大学附属杭州市第一人民医院全面托管，实行同质化管理，现为杭州市第一人民医院集团瓶窑院区、杭州市消化病医院余杭分院。2019年2月牵头组建杭州市余杭区第三人民医院医共体，下辖瓶窑、径山、黄湖、鸬鸟和百丈5家社区卫生服务中心。医共体现有在职职工1200余人，服务面积474.29平方千米，服务人口20万，年服务规模达130余万人次。形成“城市医联体、县域医共体”双体联动，构建市、县、乡、村四级联动的，医共体框架下整合型医疗卫生服务体系。
医院坐落于杭州市余杭区中心镇瓶窑镇羊山湾街8号，占地面积126亩，一期总建筑面积7.8万平方米，设置床位600张，开设临床及医技科室32个，专科门诊43个，住院病区12个。在建二期总建筑面积3.5万平方米，为余杭区传染病诊疗中心，设传染病住院床位146张，计划2025年底建设投入使用。
医院与浙江省肿瘤医院、浙江大学医学院附属口腔医院、浙江大学医学院附属第二医院骨科建立医疗合作关系，与杭州师范大学公共卫生学院签约成立健康共富示范区研究与实践共建基地，建立稳定的科学研究、教育教学、人才培养、成果应用的协作关系。
医院设有国家认证的胸痛中心、心脏康复中心、国家标准化代谢性疾病管理中心、浙江省防治卒中中心、余杭区心脑血管疾病诊疗中心、消化病诊疗中心和疝与血管疾病诊疗中心。消化内科纳入2024年度浙江省省级临床重点专科建设项目库。消化内科、心血管内科通过杭州市级重点学科（区域共建学科）2020-2024周期建设考核。内分泌科纳入杭州市级重点学科（区域共建学科）2025-2029周期建设。脾胃病科纳入杭州市基层医疗机构中医特色专科建设。呼吸内科、泌尿外科、内分泌科、眼科等10个专科（学科）纳入区临床重点专科（学科）建设。