巴彦淖尔市蒙医医院(巴彦淖尔市蒙医药研究所)始建于1960年，是巴彦淖尔市蒙医药适直技术推广临床培训基地，巴彦淖尔市蒙医助理全科医师临床实践培训基地内蒙古医科大学教学医院、内蒙古民族大学实践教学基地、河套学院教学医院，北京中医药大学东方医院协作医院、内蒙古自治区国际蒙医医院协作医院、内蒙古自治区人民医院联盟医院、通辽市蒙医整骨医院协作医院、巴彦淖尔市蒙医医院联盟奉头单位，现已发展成为集医疗、康复、预防、保健、科研、教学、养生、制剂于一体，具有鲜明蒙医药特色的蒙医综合医院。
医院位于巴彦淖尔市临河新区，占地面积21亩，主楼建筑面积8206平米，其中蒙药制剂中心1014平米。编制床位150张，实际开放100张。现有职工140人;医师32人，护理人员31人。高级职称33人，中级职称19人，硕士研究生5人，本科学历100人，蒙医药专业技术人员58人。
特色临床科室设有:整骨康复科、蒙医内科、传统内疗科、肝胆脾胃科、老年病科、糖尿病科、心病科、肺病科、肿瘤科心身医学科、风湿骨病科、五疗科、治未病科、妇科等11个临床科室，设有3个名医工作室，并设立甲状腺病科、皮肤科、肛肠科等特色门诊科室。有检验科、超声影像科心电图室、胃肠镜室、药剂科、蒙药制剂中心等医药技科室。
主要开展的蒙医特色疗法有蒙医整骨，康复、五疗、五味甘露药浴、火疗、蜡疗,茶疗、沙疗、哈那呼、拔罐、针刺、诺哈拉呼等传统疗术及蒙医心身互动疗法，在诊治老年病、心病、肺病、萨病、巴木病、肝胆脾胃病、肿瘤病、风湿骨病、甲状腺病、皮肤病、妇科病、肛肠病等常见病多发病方面具有良好的效果，深受人民群众喜爱，蒙医传统疗法日益被广大群众所接受巴彦淖尔市蒙医医院将坚定贯彻习近平总书记“传承精华，守正创新”的重要指示，发挥蒙医药“简、便、验、廉”的优势。以"特色立院、科教兴院”为办院宗旨，坚持传承、创新、博爱、友善的理念，用优质的服务，精湛的技术，为人民群众身心健康保驾护航，为健康巴彦淖尔做贡献。