阿拉善盟蒙医医院坐落于盟府所在地巴彦浩特镇，成立于1999年，由原阿拉善盟蒙医药研究所和阿拉善左旗蒙医院合并而成。是我盟唯一一所以蒙医药为主、蒙西医结合，集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的三级甲民族医医院，也是全盟蒙医药事业发展的龙头和蒙医药人才培养的重要基地。
医院先后获得内蒙古自治区首批蒙医中医名院称号、模范医院称号、全区节约型公共机构示范单位、内蒙古自治区第二批科普示范基地、内蒙古自治区科普教育基地、全区卫生健康行业十佳志愿服务组织等荣誉称号。
新建综合业务大楼占地面积3.1万平方米，建筑面积2.42万平方米。编制床位300张，开放床位207张，设17个临床科室和21个行政职能科室。医院现有职工289人，目前医院拥有自治区级名老蒙医3人、盟级名老蒙医3人、自治区级名老蒙医指导老师6人。
医院蒙医特色专科、学科先后被确定为国家、自治区级重点专科，在重点专科（学科）建设方面得到了长足的进步和发展。2012年蒙医内分泌科被确定为国家中医药管理局“十二五”重点专科，2017年被确立为内蒙古自治区医疗卫生领先学科；蒙医五疗科2016年被确定为自治区卫生计生委蒙医特色优势重点专科，2018年被确定为内蒙古自治区蒙医中医临床重点专科；蒙医治未病科2019年被确定为内蒙古自治区第二批蒙医特色优势重点专科，2022年被确定为第二批自治区蒙医临床重点专科；蒙医骨伤科2022年被确定为内蒙古自治区第三批蒙医特色优势重点专科；蒙医儿科2016年被确定为阿拉善盟蒙医中医重点专科；蒙药制剂中心、蒙医妇科、蒙医儿科、蒙医骨伤科2018年被确定为阿拉善盟医疗卫生重点学科（实验室）。
医院建有4307平米的现代化蒙药制剂中心，设置、布局合理，配有先进的设施、设备，功能齐全。配制范围有煎膏剂、硬胶囊剂、丸剂、散剂、汤剂等5种剂型。为更好的突出蒙医药特色，提高蒙药临床疗效，确保满足蒙医临床需要，发挥重要作用。
医院始终坚持“蒙医为本、蒙西兼容、突出特色、科技兴院”的发展理念，贯彻落实习近平新时代中国特色社会主义思想，加强科研管理力度，以科技创新促临床医疗技术发展，以提高科技成果转化能力为落脚点，科研项目多点开花，成效显著医院科研项目多点开花，成效显著。先后承担国家、自治区、盟级、院内科研项目70项，其中国家级项目4项、自治区级项目20项、盟级项目36项、院内项目10项。科研项目获得各类奖项60项。出版专著29部，获得各类学术著作奖12项。获授权专利7项。包括国际专利1项、发明专利2项、实用新型专利3项、外观设计专利1项。
多年来，我院分别与内蒙古国际蒙医医院、乌海市蒙中医院、银川市第一人民医院、内蒙古医科大学、内蒙古民族大学等医院和大学建立对口支援协作关系，相互开展临床诊疗、教学培训、学术交流、重点学科建设等技术援助活动。依托大学的人才、科研、教学等优势，在专业技术人员培养、学科建设、医院管理等方面加强自身建设，进一步提升医院医疗卫生保障能力。在积极推进全盟公立医院综合改革的进程中，与此同时医院与蒙古国南戈壁省赫希拉布布斯诊疗中心签订合作意向书。还建立了以我院为牵头单位，33所盟内医疗机构为成员单位的医疗集团，标志着盟内蒙医医疗机构进入了一个崭新的互助发展阶段。
医院坚持“厚德、精业、传承、创新”的宗旨，增强蒙医药文化建设，树立蒙医药品牌形象，医院投入300万元建成了以蒙古包式建筑为元素，以天文学、五源学结合蒙元文化为装饰，面积约300平方米的蒙医药展览馆。结合阿拉善蒙医药300年发展历史，将展览馆分为全盟蒙医医院医院历程、有研究价值的蒙医药著作、常用的蒙药材标本、疗效独特的方剂和传统的制药、诊疗工作及民俗展品五部分，展品约400种，其中植物、动物、矿物等蒙药材标本272件，有来自蒙古国、贺兰山的梅花鹿、雉等动物标本4种件，传统制药诊疗工具约40件，阿拉善盟三旗蒙医药著作50余部 。积极营造健康向上的蒙医药文化氛围，将科学的管理理念、服务意识、创新精神、高尚医德等融入到医院管理的各个方面，为蒙医药事业改革发展注入新活力，推进医院全面、协调、可持续发展。