伊犁州中医医院成立于1986年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的综合性三级甲等中医医院，与伊犁哈萨克自治州哈医药研究所、哈医医院形成“两院一所“的运行格局，是国家中医住院医师规范化培训基地、国家医师资格中医实践技能考试基地、新疆医科大学教学实习医院、伊犁师范大学化学化工学院产学研示范基地，挂牌自治区中医医院伊犁医院、江苏省中医院伊犁分院、江苏省中医药研究院伊型分院。2013年成功创建三级甲等中医医院，2018年、2024年两次顺利通过评审。医院占地5.3万㎡，医疗业务用房建筑面积10.4万㎡，编制床位500张，实际开放床位770张;设有临床科室35个，医技科室13个，职能科室20个;医院现有职工1137人，卫生专业技术人员996人占职工总数87.60%;高级职称82人，中级职称274人，初级职称709人:博士研究生1人，硕士研究生64人，本科生625人;医配备有64排螺旋CT、40排CT、1.5T核磁共振、C型臂X射线机等先进诊疗设备。2024年，医院总收入5.54亿元，其中医疗业务收入5.02亿元，门急诊521788人次，急诊39753人次，出院43426人次，床位使用率99.65%，床位周转次数48.2次，平均住院日7.6天。聚焦学科建设，提升医院核心竞争力
医院积极落实《“十四五“国家临床重点专科能力建设规划》，不断推进医院重点专科建设工作，坚持“中医为主，中西医并重，突出特色“的专科建设方向，现有自治区级以上重点专科9个，眼科为国家中医药管理局“十一五“重点专科，针灸科为国家中医药管理局“十二五“重点专科培育项目，肛肠科、皮肤科、肺病科、骨伤科、肾病科为自治区中医临床重点专科，高血压科、风湿病科为自治区中医临床重点专科建设项目，妇科、全科医学科、康复科等3个科室为自治州级重点专科。紧密与江苏省中医医院、新疆医科大学、自治区中医医院合作互动，打造名医工作室20个，形成医教学研合力，打造重点专科。