新疆医科大学第一附属医院昌吉分院是由昌吉市财政全额投资近6亿元，在昌吉市城南建设的一家集医疗、科研、教学为一体的大型公立综合性医院。2014年12月，新疆医科大学第一附属医院与昌吉市人民政府正式签署托管合作协议，对原昌吉市第二人民医院进行为期30年的整体托管，医院更名为“新疆医科大学第一附属医院昌吉分院"

2015年8月6日，医院正式搬迁新区启动运营。医院占地面积138亩，建筑面积8.8万平方米，核定床位800张(实际开放床位776张)，开设临床科室34个，医技科室11个，现有职工926人。医院和一附院本部实现紧密型医联体合作管理模式。管理上坚持“四个不变”(资产归属、人员身份、财政支持、党工团隶属管理)、“四个共同体”(管理共同体、服务共同体、责任共同体、利益共同体)。医院在运营中坚持与一附院管理的一体化，实行理事会框架管理下的执行院长负责制，独立管理运营并责任担当，实现法人治理运营机制;皮肤科、消化科等14个科室由一附院对应科室或中心主任直管，其他科室临床、医技科室采取病区式管理，由一附院选派执行主任管理;后勤试行全社会化外包，保洁、保安、-食堂等全面推行““社会化管理”

医院定位:中西医民族医并举，高中低医疗服务兼顾，高端医疗服务市场化运作，立足昌吉，延伸北疆，辐射邻国。

发展方向:保证基本医疗服务，开展特色医疗、稀缺医疗和国际医疗服务，积极承担新医大一附院“国际医学合作二部”的历史重任，为促进我区在丝绸之路经济带“区域医疗中心”建设上提供有益尝试

发展目标:与一附院统一规划、一体发展，将昌吉分院建设成一所基本医疗服务与高端医疗服务兼有，特色医疗与健康服务并举、大专科小综合、强基本创品牌，中亚一流的新型医院

2020年荣誉业绩。在获得“第三批自治区级公共机构节能示范单位“荣称号的基础上，经过申报、创建、初评、复审验收，12月15日国家机关事务管理局公示我院为“2019-2020年国家级节约型公共机构示范单位”;2020年4月，医院作为全市首推单位全面开展全国文明单位创建工作，2020年11月20日正式被中央文明委命名为“全国文明单位”;护理志愿团队被中国南丁格尔总队授予“2020年中国南丁格尔志愿服务活力团队奖”;健康管理中心荣获“全国健康管理学科建设与科技创新中心(健康管理示范基地)称号，是新疆第6家、昌吉州首家获得此称号单位;护理志愿团队被昌吉市授予“三星志愿服务团队”称“人才强院”战略。2016年，医院出台了《“5136”人才引进工程实施方案》，2020年在“5136人才引进工程”的基础上，制定《梧桐工程人才引进实施方案》计划在“十四五”期间引进学科带头人15-20名，博士、硕士研究生300名，柔性引进若干名学科专业领域有较高造诣的高层次紧缺人才。目前，医院成为自治区首家获得“自治区博土后创新实践基地”的县级医院，已引进博士5名，硕士200余名，开展了160余项新技术新项目，填补了多项昌吉州地区医疗技术空白。

医共体建设。2017年7月10日，昌吉分院作为主体单位，借助一附院优势和8家市属一级医疗机构签定了市域内“医疗共同体合作协议”，并以“三工镇卫生院”作为“紧密型医共体医院”代表。专科联盟建设。2017年7月，由昌吉分院牵头，与昌吉州5家、州域外3家医院搭建了“新生儿专科医联体”优质医疗服务。以“肿瘤学”为试点启动了多学科联合门诊(MDT)，首次在疆内县级二甲医院推出“颈肩腰腿痛"MDT门诊;2021年7月9日启动肺结节MDT。2017年11月在全疆县市级医院首家开展了“日间

手术”。