乌鲁木齐市口腔医院历史悠久，由1956年2月联合牙所1964年更名为乌鲁木齐市牙科门诊部，1979年3月3日.更名为乌鲁木齐市牙病防治所，1985年4月，由乌鲁木齐市政府批准，在牙病防治所的基础上于中山路196号扩建为乌鲁木齐市口腔医院。1988年10月，市口腔医院业务楼正式挂牌投入使用，翻开了医院快速发展的崭新一页。经过几十年的艰苦建设，医院目前已成为新疆维吾尔自治区一所集医疗、教学、科研、预防和口腔人才培养、口腔健康保健为一体的三级专科医院:
现有中山路院区、温泉门诊部及即将投入使用的城北新院共三个院区，设置职能科室10个，临床科室13个，医技科室4个中山路本院业务面积7600余平方米，设置病床50张，开放23张，口腔综合治疗椅138把;温泉门诊部业务面积2117平方米设置口腔综合治疗椅12把。准尔街建筑面积6.5万平方米(含综合业务、科研教学、规培基地及社区医疗服务中心)，设口腔综合治疗椅260把，医疗服务床位数100张。医院现有各类人员374人;另有规范化培训住院医师27人。卫生技术人员330人;各专业取得高级资格人员86人，中级资格106人:博士1人，硕士研究生105人，本科135人。研究生及以上学历占职工总数28.2%。
医院为口腔专业自治区重点专科，有2个科室为市级重点专科。现与首都医科大学北京口腔医院、北京大学口腔医学院、南方医科大学口腔医院、重庆医科大学口腔医院、空军军医大学口腔医院、武汉大学口腔医学院、中南大学湘雅口腔医院、西安交通大学口腔医院建成良好的协作关系并加入了所在高校的口腔专科联盟，是北京大学口腔医学院国家口腔疾病临床研究中心分中心单位，是空军医科大学国家口腔疾病临床研究中心核心单位，国家口腔医学中心北京大学口腔医学院国家工程研究中心成员单位(口腔生物材料和数字诊疗装备国家工程研究中心创新联合体成员单位)是新疆医科大学、石河子大学、西北民族学院、新疆第二医学院等医学院校的教学实习基地，全科、专科住院医师规范化培训基地、中华医学会口腔专科护士培训实习基地和自治区干部保健定点医院，
目前医院拥有口腔锥形末CT、水激光、牙科显微镜、数字化曲面断层全景X光机等国内外先进的口腔专科诊疗设备，开展的较先进口腔诊疗技术有:各类种植牙技术、显微根管治疗、根尖外科、儿童全麻口腔治疗、笑气镇静下舒适治疗、门诊儿童全麻下口腔诊疗、维科特治疗仪对牙周病的治疗、CGF用于牙周手术，隐形正畸矫治，口腔数字化修复等。近十年医院立项科研项目72余项，其中国家级2项，自治区级18项，市级45项
医院一直秉承“敬人、敬业、敬仁、敬医”的文化传承，始终高举公益性旗帜。未来，医院将依托“一体两翼”的发展架构，以口腔专科为主线，多学科、多专业齐头并进，逐步发展建成“口腔疑难疾病诊疗中心”、“数字化种植修复中心”、"舒适化诊疗中心”及“高层次的人才培养中心”的自治区区域医疗中心，医教研协同发展，努力打造以丝绸之路经济带为核心，辐射周边及中亚的区域医疗中心