首都医科大学附属北京儿童医院黑龙江医院是在原哈尔滨市儿童医院与哈医大六院整合的基础上建立的，是国家儿童区域医疗中心，是集医疗、科研、教学、保健为一体的三级甲等综合性医院;是世界卫生组织评定的“爱要医院”、省级危重新生儿救治中心，福棠医学发展研究中心理事单位、东北儿童医院发展联盟常务理事单位、黑龙江省儿科联盟主委单位，拥有黑龙江省儿童血友病诊疗中心、省妇女儿童医学中心。
医院为一院两区，优势互补错位发展。作为国家儿童区域医疗中心，以首都医科大学附属北京儿童医院为输出医院，整体托管江南、江北院区，实现国家优质资源的平移和同质化管理。江南院区为原哈尔滨市儿童医院，占地面积3.08万㎡，建筑面积6.89万㎡，编制床位900张;江北院区为哈医大六院，占地面积10万㎡，建筑面积7.5万㎡，编制床位500张。医院现有职工1616人，年均门急诊量约55万人次，承担着黑龙江省500余万少年儿童的医疗、预防、保健任务，服务范围辐射内蒙古、吉林等临近省市，特别是“黑龙江省急救中心新生儿重症转运分站”，成功填补了我省新生儿急救转运的空白医院临床专科设置齐全，以儿内科、儿外科(含眼科、耳鼻喉科、口腔科)、急诊急救为主体，以新生儿重症医学科、康复科和青春期医学专科等科室为特色。针对本省外转率高、病人数量多情况，持续引入各专业北京专家派驻医院，现已成立眼科、耳鼻喉、呼吸、新生儿及纤支镜五个医疗中心，推进儿科疑难病例医疗救治的技术平移，其中，呼吸中心纤支镜治疗技术自2023年8月至11月已突破千例并填补省内空白，眼科先进的视光技术填补了东北地区空白;心外科开展的先心病小切口微创治疗处于国内领先水平，
医院坚持“大专科强综合，重点学科与特色学科群组合”的发展模式，技术力量雄厚。拥有医学影像科等7个省市领军人才梯队、国家级儿科、儿外科住院医师规范化培训等12个基地，黑龙江省儿童血友病诊疗中心等10个中心,以及1个博士后科研工作站;有教学经验的博导、硕导多人，能够引领主要疾病的临床研究，及时做好研究成果的临床应用转化。

医院与北京儿童医院，上海儿童医疗中心，武汉、浙江儿童医院和广州妇女儿童医疗中心等诸多国内知名医院进行学术交流、讲学以及制定人才培养计划。同时以“互联网+医疗健康”为契机，建立远程会诊中心，整合优质医疗资源，真正实现“看病不求人”。
医道从德济爸生，术业求精护健康。首都医科大学附属北京儿董医院黑龙江医院将不断创新管理理念，围绕患者满意度打造区域内优质医疗服务高地，让全省人民群众在家门口就能享受到国家级的优质医疗服务，提升人民群众的健康获得感、幸福感和安全感。