广州中医药大学第三附属医院前身为广州中医学院附属骨伤科医院，创建于1985年；1993年广州中医学院骨伤科研究所成立并挂靠医院；1994年经国家中医药管理局批准为全民所有制事业单位（经费自理）；2001年广州中医药大学与广州市荔湾区（原芳村区）人民政府签订协议，以原芳村区中医医院与广州中医药大学附属骨伤科医院为基础组建广州中医药大学第三附属医院；2005年加挂广州中医药大学第三临床医学院牌子，是广州中医药大学博士后流动站和研究生、本科生教学机构。2014年底龙溪新院区I期工程顺利落成，

2015年1月起投入使用，同年10月通过国家中医药管理局三级甲等中医专科医院等级评审。2018年2月，经省编办核准，正式更名为广州中医药大学第三附属医院（广州中医药大学第三临床医学院、广州中医药大学附属骨伤科医院、广州中医药大学骨伤科研究所），下设2个分支机构：骨伤科分院、芳村分院，为公益二类财政补助事业单位。2019年12月通过三甲复审。2021年经省委编委领导批准，同意广州中医药大学骨伤科研究所更名为广东省中医骨伤研究院，仍在我院挂牌。

医院医疗设备齐全，拥有GE signa HDxt核磁共振成像系统、日本东芝Aquilion TSX-101A型计算机X射线断层扫描机、日本东芝TSX-021B型计算机X射线断层扫描机（ CT机 ）、日本岛津R SPEED M 型数字化X线摄影系统（ DR机 ）、日本岛津MUX-100J型移动式X线摄影系统（ 移动DR机 ）、西门子SIREMOBIL Compact L型移动式诊断C型臂X射线机、奇目Ziehm 8000移动式诊断C型臂X射线机、珠海普利德PLD5600医用诊断X射线机、UNIGMMA X-RAY PLUS 型双能X线骨密度仪、GE LOGIQ S8彩色超声诊断仪、MYLAB60彩色多普勒超声诊断仪、日本光电1350P心电图仪、日立7100全自动生化分析仪、日本 Sysmex-CA1500 全自动凝血分析仪、日本Sysmex-1000i全自动血液分析仪、雷杜血气分析仪、贝克曼生化免疫流水线、贝克曼5800生化分析仪、贝克曼DXI800化学发光分析仪、BD Phoenix 100细菌鉴定仪、BACTEC 9120血培养仪、Easycute全自动时间分辨分析仪、日本Sysmex-XN系列五分类血细胞分析仪、日本Sysmex-CA1500全自动凝血分析仪等大型医疗设备；拥有中医诊疗设备15类67种，能充分满足临床各科开展中医药特色服务。

医院将高举习近平新时代中国特色社会主义思想伟大旗帜，认真贯彻落实全国卫生与健康大会、全国中医药大会精神，守初心、担使命、抓落实，传承精华，守正创新；围绕《健康中国2030规划纲要》，不断深化改革，始终瞄准医学发展前沿，始终坚持以病人为中心的服务宗旨，始终坚持把中医药特色优势建设摆在医院发展的主导地位，提高中医药临床疗效。坚持强化党的建设统领医院发展，以专科专病建设为重点，以中医药人才队伍建设为关键，以完善基础功能为支撑，以扩大对外交流为延伸，以改革创新为动力，努力将医院建设成“百姓信赖、员工幸福、政府满意”的中医名院。