医院目前是国家先天性结构畸形救助项目定点医疗机构、国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位、彩虹桥-中国癫痫儿童关爱项目合作点、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心网络单位、中国流动留守儿童体格发育促进研究与能力建设项目暨“天使童行”定点合作医院、昆明市儿童医院“童心项目”先天病筛查定点协作医院、玉溪市危重新生儿救治中心、玉溪市首批残疾儿童康复定点医疗机构。是重庆医科大学附属儿童医院技术指导医院、重庆医科大学附属儿童医院新生儿科中心主任史源专家工作站、复旦大学儿科医院医学博士周文浩专家工作站、温州医科大学附属第二医院儿科系主任蔡晓红专家工作站、昆明市儿童医院联盟合作单位和昆明医科大学教学医院。