医院前身为合肥基督医院，始建于1898年，2017年12月成为中国科学技术大学直属附属医院。现已发展成为一所设备先进、专科齐全、技术力量雄厚，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复、急救为一体的省级大型三级甲等综合性医院。在最新一轮（2022年度）全国三级公立医院绩效考核排名第20位，等级A+；连续六年进入“复旦版中国医院排行榜”全国百强，2022年度8个学科进入全国榜单，27个学科进入华东榜单。在2023年自然指数（Nature Index）年度榜单中，位列全球医疗机构第48位，中国医疗机构第7位。在中国医学科学院发布的2022年度中国医院科技量值（STEM）评价结果中，综合排名位列67位，共有6个学科进入全国学科榜单TOP30，11个学科进入TOP50，27个学科进入TOP100，13个学科位列安徽省首位。
医院以打造国家级高水平医院为目标，以创建国家区域医疗中心为引领，实行“集团化、一体化和差异化”发展战略，形成“一院多区”的良好发展格局。现有总院（院本部）、南区（安徽省脑科医院、安徽省心血管医院）、西区（安徽省肿瘤医院）、感染病院区（合肥市传染病医院）、北区（国家创伤区域医疗中心），着力打造国家紧急医学救援基地，开工建设以老年医学和保健服务为重点的滨湖院区。医院总占地面积（含规划面积）约785亩，总建成面积90.6万平方米，总在建面积（不含规划建筑面积）65万平方米。目前，共开放床位5750张，设有47个临床医技学科。拥有国家临床重点专科建设项目10个，省临床重点专科33个。近年，门急诊量670余万人次/年，出院患者35余万人次/年，开展手术19余万台次/年，平均住院日6.17天。
医院持续推动优质医疗资源扩容下沉，与83家县市级医院和社区卫生服务中心组建了医疗联合体，牵头成立了48个专科联盟，牵头组建了覆盖省内外60余家医院的远程医疗协作网；与阜阳、安庆等地合作共建第一批省级区域专科医疗中心；与铜陵合作共建省内首个省市县医联体。
医院人才荟萃、名医辈出。现有在岗职工7569人，聘任高级职称人员近1200人，其中一级主任医师39人。拥有国家级重点（青年）人才项目专家25人次，特聘院士5人，特聘“国家级人才计划入选者”68人，国务院及省政府津贴专家124人次，省级重点人才项目专家17人次，“江淮名医”61人次，省学术技术带头人及后备人选118人次。
医疗技术力量颇为雄厚。四级手术总量居全国第6位，CMI值（医疗技术难度）居全国第29位。是国家“示范高级卒中中心”“中国胸痛中心”和安徽省首家“泛血管疾病管理中心”。入选国家疑难病症诊治能力提升工程项目2项（脑血管和肿瘤方向）。是全国仅有的5家获得质子放射治疗系统准予许可单位之一。在被誉为“医学之巅”的器官移植领域，具备全国为数不多的全器官（组织）移植资质，亲属间活体肾脏移植例数保持全国前三，肝移植技术全国领先，肺移植例数稳居全国前十。脐带血干细胞移植技术进入国际先进行列，是全球脐血移植病例数最多的移植单中心。独创的侧卧位下直接前方入路髋关节置换技术驰名国内外，在“一带一路”多国推广应用。精准肝切除术、腹腔镜肝胆手术、脑深部刺激术、股骨近端重建、心脏再同步化治疗（CRT）技术、糖尿病领域治疗等一大批关键性、代表性技术全国领先。
教学培养成果斐然。系中国科学技术大学临床医学院，是临床医学科学学位和专业学位博士授权点、国家级博士后工作站，有中国科学技术大学博士生导师82人、硕士生导师63人。有安徽医科大学、皖南医学院、蚌埠医学院硕士生导师300余人。入选首批国家临床教学培训示范中心，拥有国家住院医师规范化培训基地30个，儿科、麻醉科、内科、临床病理科和口腔全科是全国重点住培专业基地；拥有神经外科学、心血管病学、内科老年医学、儿科麻醉学等8个专科医师规范化培训基地。是国家卫健委四级妇科内镜手术培训基地、安徽省首个国家医师资格考试实践技能考试与考官培训基地、安徽省首批专业技术人员继续教育基地、美国心脏协会心血管急救培训基地。
科研创新持续突破。近三年，医院新立项纵向课题658项，其中，立项国家自然科学基金项目260项，经费超过百万元的重大重点、人才类等基金项目28项，科研经费总额（2022年度）居全国三级公立医院第29位。牵头国家重点研发计划“变革性技术关键科学问题”专项和国家科技重大专项“重大新药创制”，主持参与国家重点研发计划项目、中国科学院战略性先导科技专项（B类）等国家级课题20项。在NEJM、Nature、Science、Cell 、PANS等多个国际顶级学术期刊发表研究论文。近三年共授权国家专利858件，实施转化专利69件，位居中国医院创新转化排行榜第9位。共获省科学技术奖31项，其中一等奖5项，省科普微视频奖取得一等奖零的突破。
坚持“人民至上、生命至上”，医院在疫情防控保卫战中贡献“科医”力量。“托珠单抗+常规治疗”免疫治疗方案，写进国家防控指南，
