建湖县人民医院始建于1948年5月，现为三级甲等综合医院。医院是南通大学杏林学院附属医院，扬州大学建湖临床医学院，苏北人民医院建湖分院。医院占地200亩，建筑面积15万平方米，设置床位900张；现有卫技人员1300余人，其中高级职称300余人；有省“333工程”人才培养对象18人、市医学重点人才10人、市医学青年人才18人、硕士生导师10人。2023年门急诊量95.5万人次，出院病人4.36万人次，住院手术1.05万台次。

全院设置临床、医技科室49个。深化对外合作，先后与复旦大学附属中山医院、省人民医院等大医院建立协作关系，成立专科诊疗中心6个和名医工作室24个，为医院人才培养、技术进步提供强有力的支撑，有1个省级重点专科，4个市级重点学科，20个市级重点专科，1个市级重点实验室。目前拥有S-PECT、双源CT机，3.0T核磁共振，数字减影血管造影机等一批高端设备与设施。各专科能常规开展一批疑难复杂手术，如骨科后路寰枢椎切开复位椎弓根内固定、结构性植骨在全髋关节置换术髋臼骨缺损中的应用、膝关节镜结合胫骨高位截骨保膝手术等；消化内科复杂ERCP、ESD技术等；普通外科腹腔镜胰体尾切除术、腹腔镜巨脾切除+断流术、减重代谢手术等；神经外科内镜经鼻脑脊液漏修补术、内镜经鼻视神经管减压术等。

大力推进“智慧医院”建设，积极推行互联网+医疗，信息化参与院前服务、院内服务、康复管理，实现移动诊疗、移动护理、移动心电，有效提升患者就医体验，2016年达到电子病历系统功能应用分级评价五级医院，目前正准备六级电子病历验收。开展互联网+医疗行动，门诊诊间结算、住院自助结算、云影像、院内导航以及微病案等服务举措有效改善患者就医感受。

2013年9月，在省内率先组建县、镇、村一体化医疗联合体。2021年3月，与县中西医结合医院试点组建紧密型医共体，2024年实现17家乡镇卫生院全覆盖。实行“1+17”医共体运行模式，围绕基层实际需求，制定“一院一策”帮扶计划，帮助成员单位打造特色科室，提升服务能力。大力推进影像诊断中心、心电诊断中心、区域审方中心等数字化医共体“十张网”建设，促进优质医疗资源下沉，让“数据多跑路，患者少跑腿”，方便群众就近就医。

2011年被列为全国县级公立医院综合改革试点单位。2023年成功入选高质量发展省级试点单位。在2022年度全国三级公立医院绩效考核中，医院总得分764.4分，为A等次，全国排名269名，排名区间为10%-20%。在全国县级三级综合医院中排名前十，省内县级三级综合医院中排名第三。