医院建成于1921年,由洛克菲勒基金会创办。建院之初,就志在“建成亚洲最好的医学中心”。同时,北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目最大、时间延续最长的慈善援助项目
2019年12月,中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》,北京协和医院科技量值排名位列前3位。
2017年11月11日下午,复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》,北京协和医院名列榜首 。2020年4月,被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。
2022年10月8日,北京协和医院缓和医学中心成立。
2024年2月29日,北京协和医院成立罕见病诊疗创新发展研究院,并启用我国首个独立成科的罕见病医学科专科病房。