昆明市第三人民医院成立于1954年,前身为“昆明市传染病医院”,1986年更名为昆明市第三人民医院,2003年与“昆明市结核病防治院”合并,成为西南地区规模最大的传染病专科医院,2016年3月通过“三级甲等传染病专科医院”评审,是“云南省传染病临床医学中心”和“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”,2023年3月正式授牌成为国家感染性疾病临床医学研究中心云南省分中心,是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点,集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体的大型综合性传染病专科医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院。
医院有4个专家工作站和1个名医工作室:首都医科大学附属北京佑安医院郑加生专家工作站(肿瘤微创介入)、中国药科大学孔令义专家工作站(天然药物化学)、首都医科大学附属北京地坛医院成军专家工作站(肝病)、重庆医科大学附属第一医院郭述良专家工作站(呼吸)、卢洪洲教授(团队)名医工作室(艾滋病)。